Cette plateforme technologique est installée dans le Laboratoire de Biologie Médicale Oncologique de l’Institut Universitaire du Cancer de Toulouse Oncopole. Ce laboratoire regroupe les activités de biochimie-marqueurs tumoraux, de pharmacologie-pharmacocinétique et d’oncologie moléculaire et développe des programmes de recherche.
L’instrument nCounter® Analysis System – Nanostring est une plate-forme automatisée de détection et de comptage digital des acides nucléiques tels que l’ADN et l’ARN extraits. La technique fonctionne par hybridation aux séquences ciblées de sondes codesets fluorescentes. Elle ne nécessite pas de préparation de librairie, ni amplification ou de pré-amplification (éliminant les réactions enzymatiques susceptibles d’introduire un biais dans les résultats) mais permet d’effectuer des mesures directes et individuelles des acides nucléiques. Cette plateforme permet d’analyser plusieurs centaines de gènes ciblés, ceci pour des besoins d’exploration et de validation sur un plus grand nombre d’échantillons dans le cadre des projets de recherche.
Le système est composé de deux appareils. La PrepStation est un robot qui permet de purifier les molécules hybridées et de les fixer sur un support en verre spécifique ou cartouche. La lecture de la fluorescence est ensuite réalisée par un analyseur numérique qui compte chaque molécule individuellement. La technologie autorise une grande diversité d’applications tant médicales de recherche de base et translationnelle, notamment l’identification et la validation de biomarqueurs, que diagnostics.
Le choix de cet instrument permet d’étendre le champ d’exploration des projets de recherche dont les analyses sont en cours depuis ces dernières années dans le laboratoire.
Cette plateforme technologique est adaptée à la pratique de recherche développée au sein de l’IUCT-O pour les raisons suivantes :
- Flexibilité dans la combinaison de plusieurs applications d’analyse génétique utiles au laboratoire (profils d’expression – ARNs, micro-ARNs -, détection du nombre de copies, immuno-précipitation de la chromatine)
- Haut pouvoir résolutif (détection de cellule tumorale unique)
- Automatisation des réactions (gain de temps, de quantité initiale de matériel biologique, de reproductivité
